Иркутские ученые запускают новый интеграционный проект "NGS+BD для решения вопросов экологии", объединяющий лаборатории Лимнологического института СО РАН и Института динамики систем и теории управления

О проекте более подробно рассказали доктор биологических наук, профессор ЛИН СО РАН Елена Лихошвай и кандидат технических наук Алексей Шигаров из ИДСТУ СО РАН.

Состоит он из методов массового секвенирования (определение аминокислотной и нуклеотидной последовательностей) и информационных технологий обработки больших данных в исследовании морских экосистем.

"Цель проекта - Определить разнообразие микроскопических организмов и выявить корреляционных связи между ними, а также между организмами и динамичными факторами окружающей среды", - рассказывают ученые.

Дело в том, что в водных экосистемах основную роль в образовании первичной продукции, круговороте органического вещества и биогенных элементов играют микроскопические организмы. Участники этих процессов в основном неизвестные организмы, в неволе практически не размножаются и определить их полное биоразнообразие долгое время не представлялось возможным.

Но иркутские ученые обладают достаточными знаниями и опытом, чтобы этим заняться. Биологи владеют методами анализа результатов секвенирования нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS), а математики - методами анализа больших данных (Big Data, BD), так и родился Интеграционный проект Иркутского научного центра "NGS+BD для решения вопросов экологии".

Применение NGS дает огромный массив генетической информации. Например, в результате секвенирования материала даже одной пробы воды или донных осадков объемом всего 1 мл можно получить порядка 50 Гб информации. А методы анализа BD позволяют с этим массивом разобраться и определить структурно-функциональную организацию сообществ микроорганизмов различных экотопов. Именно этим ученые и собираются заняться.

Проект рассчитан на 4 года. В нем могут участвовать и студенты, для этого необходимо позвонить по телефону (3952)45-31-02 или написать на почту shigarov@icc.ru.

Похожие новости

  • 03/10/2016

    Томский государственный университет: научные исследования - широким фронтом

    ​Томский государственный университет ведет научные исследования широким фронтом. Сегодня "Поиск" расскажет о последней находке палеонтологов, о достижениях химиков, помогающих фармацевтам, а также о проекте физиков, математиков и биологов, объединившихся в интересах медицины.
    1613
  • 18/10/2017

    Как связать Байкал и Юкатан

    Два полнокупольных фильма о тайнах цивилизации майя были показаны на фестивале «Человек и природа» в Иркутском планетарии. Показ стал первым на территории России. Привез фильмы в Иркутск Энрике Фонте, президент компании «Planetarios Digitales», построившей и курирующей 25 планетариев в Мексике.
    545
  • 01/06/2017

    Мексиканская съемочная группа погрузилась под лед Байкала

    Мексиканские кинематографисты  вернулись из экспедиции за тающим льдом на Байкале. Группа шла на корабле, двигалась по льду на "Хивусах". Съемки шли под водой и с воздуха - при помощи дронов с камерами с 360-градусным обзором.
    390
  • 13/03/2018

    Иркутские химики сделали серьезный шаг в борьбе с вирусом гриппа

    Сотрудники Иркутского института химии им. А. Е. Фаворского Сибирского отделения РАН синтезировали вещество, защищающее от вируса гриппа, в том числе H1N1, более известного как свиной грипп. По информации пресс-службы ИНЦ СО РАН, старший научный сотрудник группы фармацевтической разработки института Яна Костыро сообщила, что разработка вещества началась в 2013 году.
    389
  • 20/05/2016

    Иркутские биологи подпишут три договора с монгольскими коллегами

    В иркутском Научном центре проблем здоровья семьи и репродукции человека (НЦ ПЗСРЧ) готовы к подписанию три договора о сотрудничестве с научными учреждениями Монголии. Об этом рассказала руководитель лаборатории трансмиссивных инфекций центра доктор биологических наук Галина Данчинова.
    1646
  • 14/06/2017

    Сотрудники ИРНИТУ и ВСЕГЕИ будут изучать геологические процессы на Байкале

    ​Сотрудники ИРНИТУ, Всероссийского научно-исследовательского геологического института им. А. П. Карпинского (ВСЕГЕИ, г. Санкт-Петербург) и Лимнологического института СО РАН 13 июня отправились в экспедицию по изучению особенностей проявления опасных геологических процессов, связанных с природной миграцией углеводородов.
    969
  • 16/01/2017

    Перечень международных, всероссийских и региональных научных и научно-технических совещаний, конференций, симпозиумов, съездов, семинаров и школ СО РАН на 2017 год

    ​Президиум федерального государственного бюджетного учреждения «Сибирское отделение Российской академии наук» согласился с предложениями научных организаций, в отношении которых Сибирское отделение РАН осуществляет научно-методическое руководство, по проведению конференций в 2017 году и согласовал Перечень научных и научно-технических совещаний, конференций, симпозиумов и школ СО РАН в области естественных и общественных наук.
    3627
  • 23/08/2018

    Международная Летняя Полевая Школа в ИМКЭС СО РАН

    ​10-15 сентября 2018 г. на базе Института мониторинга климатических и экологических систем СО РАН (г. Томск) состоится Международная Летняя Полевая Школа, посвященная вопросам применения новых полевых, лабораторных и информационно-статистических методов исследования, направленных на сбор, анализ, синтез и представление данных об экологических изменениях природной среды Сибири и Дальнего Востока России.
    182
  • 29/09/2017

    Делегация Франции посетила Иркутский научный центр СО РАН для обмена опытом по созданию Байкальского геопарка ЮНЕСКО

    В ходе официального визита делегации департамента Верхней Савойи (Франция) 27 сентября обсудили проект «Байкальского геопарка ЮНЕСКО» с иркутскими учеными. В составе делегации присутствовали: Филипп Гишардаз, почетный президент ассоциации «Ерказия», мэр г.
    821
  • 28/05/2016

    Эксперты утверждают, что Байкал не повторит судьбу Арала из-за ГЭС на Селенге

    ​Байкал не повторит судьбу Аральского моря - это невозможно при условии разумного регулирования его стока на иркутском побережье и действенных предложений для Монголии в сфере энергетики. Об этом  заявил директор Байкальского института природопользования (БИП) СО РАН Ендон Гармаев.
    1366