​Сотрудники ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» совместно с коллегами из Института систем информатики им. А. П. Ершова СО РАН и Новосибирского государственного университета разработали программу LSM-W2, которая позволяет извлекать данные о морфологии поверхности листа из изображений, полученных с применением лазерного сканирующего микроскопа.

С ее помощью можно обработать большой массив информации в сжатые сроки и на менее мощном компьютере. В перспективе предложенный подход можно использовать при оценке новых сортов растений для сельского хозяйства. Статья о разработке опубликована в журнале BMC Systems Biology.

«Для того чтобы понимать фундаментальные механизмы, которые лежат в основе самоорганизации клеток в сложные структуры, исследователям важно дифференцировать типы клеток, видеть этот процесс в динамике, — объясняет один из авторов статьи научный сотрудник ФИЦ ИЦиГ СО РАН кандидат биологических наук Алексей Владимирович Дорошков. — Существует множество модельных объектов, на которых можно одновременно наблюдать последовательность стадий развития органов. Например, у злаковых растений листья длительное время находятся в состоянии стационарного роста. Что это значит? Получается, что кончик листа уже содержит зрелые основные и специализированные клетки, сформировавшие так называемый паттерн (рисунок, закономерность их расположения), в то время как в нижней части всё еще происходит образование новых клеток: здесь они еще не знают, какую функцию будут выполнять в ткани, идет процесс определения клеточной судьбы».
 
Данные о клетках собираются с помощью лазерного сканирующего микроскопа: он делает протяженный цифровой 3D-скан размером порядка нескольких сантиметров с разрешением менее одного микрона на один пиксел. Изображение содержит несколько оптических срезов, что дает исследователям возможность реконструировать трехмерную модель объекта. Получаются достаточно объемные файлы: фрагмент листа размером несколько миллиметров, отсканированный с высоким разрешением, весит примерно 10 Гб. Однако иногда для работы ученым нужны определенные клетки, а не вся информация из скана. Например, требуются данные о том, какие события, с какими клетками эпидермиса и с какой частотой происходили в процессе развития. 
 
«Если человек вручную будет измерять это и считать, то он нескоро закончит, — говорит Алексей Дорошков, — нам нужно упрощать задачу: осуществлять автоматическую предобработку изображений. Алгоритм, который лег в основу программы, связан со структурированием множественных сканов. Микроскоп за единицу времени делает один маленький, условно говоря, кубик, он может сделать несколько таких “кубиков” вдоль изучаемого органа. Обработать полученные таким образом данные — масштабная задача: надо правильно расположить фрагменты, убрать шумы и выделить необходимый клеточный слой, который может быть произвольной формы».
 
«Программа интересна тем, что помогает автоматизировать процесс получения данных о форме и взаимном расположении клеток, которые нужны для верификации моделей морфодинамики тканей растений, — рассказывает научный сотрудник ФИЦ ИЦиГ СО РАН кандидат биологических наук Ульяна Станиславовна Зубаирова. — Непосредственно разработкой программы занимался Павел Юрьевич Верман в рамках своей магистерской диссертации под моим руководством. Сейчас работу над этой программой продолжает другая студентка — Евгения Анатольевна Пащенко».
 
Созданный коллективом авторов плагин позволяет перейти от трехмерной реконструкции к двухмерной структурной модели ткани, при этом он распознает нужные исследователям слои и клетки и визуализирует только их. Таким образом, с одной стороны, структурируется нужная информация, а с другой — уменьшается размер файлов, а значит, и необходимость в мощных вычислительных ресурсах. «При сегментации двухмерной поверхности иногда есть возможность сделать аппроксимацию (приближение. — Прим. ред.) нескольких соседних пикселов по высоте, чтобы улучшить качество изображения, подавить шумы и получить четкую двухмерную картинку», — объясняет Алексей Дорошков.
 
Эта разработка в перспективе полезна в сельском хозяйстве при отборе линий растений, устойчивых к тем или иным условиям. Например, чтобы выявить влияние внешних условий на разные типы клеток и разные органы при оценке разных генотипов растений. «Можно собрать образцы листьев и проанализировать их клеточную архитектуру, а затем понять, нарушения какого типа у них произошли и в каком количестве, определить потенциально устойчивый генотип, который формировал вегетативную массу наиболее эффективно», — объясняет Алексей Дорошков.
 
Исследователи уже использовали плагин при изучении воздействия моделированного холодового стресса на рост злаковых растений. В частности, удалось выяснить, что при пониженной температуре с ошибками идет морфогенез комплекса устьиц (пор на поверхности листа, через которые происходит испарение воды и газообмен. — Прим. ред.). При длительном воздействии холода у листа нарушается фотосинтез, и, соответственно, страдает продуктивность сельскохозяйственной культуры. «В этом случае мы работаем не с финальной продуктивностью растения, а с механизмом, — объясняет Алексей Дорошков. — Соответственно, знаем, какой процесс затронут, и можем пытаться на него повлиять. Механизмы при этом могут быть разные». 
 
Одним из соавторов статьи стала студентка Новосибирского государственного университета Алина Сергеевна Ельсукова. Некоторые работы в рамках этого проекта она сделала еще в 11-м классе: в частности, в статью вошла с существенными доработками одна из иллюстраций школьного проекта. «Такие случаи позволяют ощутить, что ты растешь вместе со своим проектом, и то, что делаешь для первых этапов, затем становится частью чего-то большего, — сказала Алина Ельсукова. — Когда ты видишь, что твой проект — это вклад в твое будущее развитие, появляется мотивация работать дальше, придумывать новые идеи». 
 

Источники

Сибирские ученые придумали, как быстро и просто анализировать форму клеток эпидермиса листьев у растений
Наука в Сибири (sbras.info), 15/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро и просто анализировать форму клеток эпидермиса листьев у растений
RateNews.ru, 15/05/2019
Найден способ быстро и просто анализировать форму клеток эпидермиса листьев у растений: Яндекс.Новости
Яндекс.Новости (news.yandex.ru), 15/05/2019
Найден способ быстро и просто анализировать форму клеток эпидермиса листьев у растений
Индикатор (indicator.ru), 15/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро анализировать форму клеток эпидермиса
Mirtesen.sputnik.ru, 16/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро анализировать форму клеток эпидермиса
Столица 24 (stolitca24.ru), 16/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро анализировать форму клеток эпидермиса
123ru.net, 16/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро анализировать форму клеток эпидермиса
Новости России (news-life.ru), 16/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро анализировать форму клеток эпидермиса
Спутник Новости (news.sputnik.ru), 16/05/2019
Сибирские ученые придумали, как быстро и просто анализировать форму клеток эпидермиса листьев у растений
Сибирское отделение Российской академии наук (sbras.ru), 17/05/2019
Найден способ быстро и просто анализировать форму клеток эпидермиса листьев у растений
Биотех 2030 (biotech2030.ru), 17/05/2019
Специалисты ИЦиГ СО РАН, ИСИ СО РАН и НГУ предложили быстрый метод анализа формы клеток эпидермиса листьев
1k.com.ua, 10/06/2019
Специалисты ИЦиГ СО РАН, ИСИ СО РАН и НГУ предложили быстрый метод анализа формы клеток эпидермиса листьев
Научная Россия (scientificrussia.ru), 10/06/2019
Специалисты ИЦиГ СО РАН, ИСИ СО РАН и НГУ предложили быстрый метод анализа формы клеток эпидермиса листьев: Яндекс.Новости
Яндекс.Новости (news.yandex.ru), 11/06/2019
Специалисты ИЦиГ СО РАН, ИСИ СО РАН и НГУ предложили быстрый метод анализа формы клеток эпидермиса листьев
Биотех 2030 (biotech2030.ru), 11/06/2019

Похожие новости

  • 19/08/2016

    Из студентов НГУ - в преподаватели биоинформатики

    ​Школа довузовской подготовки факультета информационных технологий НГУ в новом учебном году расширяет работу со школьниками — появляются занятия со старшеклассниками в рамках создаваемой Научно-технической проектной лаборатории НГУ «Инжевика».
    2297
  • 03/02/2016

    Для чего ученые красят пшеницу?

    ​​​​Ученые Федерального исследовательского центра "Институт цитологии и генетики СО РАН" (ИЦиГ СО РАН) ищут новые пути повышения устойчивости ведущих злаковых культур к неблагоприятным условиям, а также работают над повышением питательных свойств зерна пшеницы.
    3849
  • 21/11/2016

    Технологии создания и применение ГМО

    В последние годы все чаще говорят о том, что мир стоит на пороге кардинальных изменений системы образования. И одна из первых «ласточек» этого процесса – MООС (массовые открытые онлайн-курсы) от университетов и колледжей.
    1447
  • 20/06/2019

    Генетические «корни» варикоза и дорсалгии

    Аcademcity.org продолжает рассказывать про молодых ученых Академгородка, ставших лауреатами премии мэрии Новосибирска в этом году. В прошлый раз портал представлял  Анастасию Иванову, занимающуюся поиском генетических маркеров риска внезапной сердечной смерти.
    256
  • 19/11/2018

    Биолог из Новосибирска разработал мобильное приложение для сельского хозяйства

    Труд агрономов и селекционеров иногда содержит очень утомительные операции. Например, периодически им требуется подсчитывать количество зерен в колосьях пшеницы. Не делать этого вручную позволяет мобильное приложение SeedCounter, которое вместе с коллегами создал биолог Михаил Генаев из Новосибирска.
    426
  • 18/04/2019

    «Цифровизация диабетологии»: какие задачи решают «большие данные»

    ​Компьютерная обработка и анализ больших массивов данных (big data) находят все более широкое применение как в исследовательской биологии, так и в клинической медицине. Не является исключением и диабетология.
    316
  • 31/05/2016

    Новосибирские ученые исследуют кровеносную систему

    ​Кровеносная система лежит в основе функционирования головного мозга, и в области её работы ещё много «белых» пятен. Сибирские учёные в сотрудничестве с медиками решили устранить некоторые из них.  Исследование имеет и прикладной выход: уже создана уникальная система мониторинга нейрохирургических операций, метод повышения качества магнитно-резонансной томографии, а также инструментарий для персонализированного моделирования протекания некоторых болезней.
    2585
  • 11/01/2019

    В Новосибирске предлагают построить центр клеточной иммунотерапии

     10 января губернатор Новосибирской области Андрей Травников посетил Научно-исследовательский институт фундаментальной и клинической иммунологии СО РАН. В ходе рабочей поездки главе регионе был представлен инновационный проект медицинского научно-исследовательского центра клеточной иммунотерапии и регенеративной медицины стоимостью 1,2 млрд.
    826
  • 05/12/2016

    Сибирские генетики и управление фотосинтезом

    ​Ученые Новосибирского государственного университета и Института цитологии и генетики СО РАН отвечают на вопрос о том, как на генетическом уровне регулируется синтез и распределение хлорофилла в разных органах растений, исследуя геномы обычного ячменя и ячменя частичного альбиноса, у которого нарушена выработка хлорофилла.
    2279
  • 13/04/2016

    В ИЦИГ СО РАН создают базу данных для обработки научной информации

    ​В Федеральном исследовательском центре «Институт цитологии и генетики СО РАН» разрабатывают универсальную систему для поддержки селекционно-генетических экспериментов, пока что тестируя ее на проектах, связанных с изучением пшеницы.
    1737