Иркутские ученые запускают новый интеграционный проект "NGS+BD для решения вопросов экологии", объединяющий лаборатории Лимнологического института СО РАН и Института динамики систем и теории управления

О проекте более подробно рассказали доктор биологических наук, профессор ЛИН СО РАН Елена Лихошвай и кандидат технических наук Алексей Шигаров из ИДСТУ СО РАН.

Состоит он из методов массового секвенирования (определение аминокислотной и нуклеотидной последовательностей) и информационных технологий обработки больших данных в исследовании морских экосистем.

"Цель проекта - Определить разнообразие микроскопических организмов и выявить корреляционных связи между ними, а также между организмами и динамичными факторами окружающей среды", - рассказывают ученые.

Дело в том, что в водных экосистемах основную роль в образовании первичной продукции, круговороте органического вещества и биогенных элементов играют микроскопические организмы. Участники этих процессов в основном неизвестные организмы, в неволе практически не размножаются и определить их полное биоразнообразие долгое время не представлялось возможным.

Но иркутские ученые обладают достаточными знаниями и опытом, чтобы этим заняться. Биологи владеют методами анализа результатов секвенирования нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS), а математики - методами анализа больших данных (Big Data, BD), так и родился Интеграционный проект Иркутского научного центра "NGS+BD для решения вопросов экологии".

Применение NGS дает огромный массив генетической информации. Например, в результате секвенирования материала даже одной пробы воды или донных осадков объемом всего 1 мл можно получить порядка 50 Гб информации. А методы анализа BD позволяют с этим массивом разобраться и определить структурно-функциональную организацию сообществ микроорганизмов различных экотопов. Именно этим ученые и собираются заняться.

Проект рассчитан на 4 года. В нем могут участвовать и студенты, для этого необходимо позвонить по телефону (3952)45-31-02 или написать на почту shigarov@icc.ru.

Похожие новости

  • 03/10/2019

    В Иркутске обсудили возвращение на Байкал глубоководных обитаемых аппаратов

    8 сентября 2019 года состоялся визит в Институт земной коры СО РАН Героя Российской Федерации, известного советского и российского инженера, командира глубоководного обитаемого аппарата «Мир» Евгения Сергеевича Черняева.
    302
  • 18/10/2017

    Как связать Байкал и Юкатан

    Два полнокупольных фильма о тайнах цивилизации майя были показаны на фестивале «Человек и природа» в Иркутском планетарии. Показ стал первым на территории России. Привез фильмы в Иркутск Энрике Фонте, президент компании «Planetarios Digitales», построившей и курирующей 25 планетариев в Мексике.
    1035
  • 14/06/2017

    Сотрудники ИРНИТУ и ВСЕГЕИ будут изучать геологические процессы на Байкале

    ​Сотрудники ИРНИТУ, Всероссийского научно-исследовательского геологического института им. А. П. Карпинского (ВСЕГЕИ, г. Санкт-Петербург) и Лимнологического института СО РАН 13 июня отправились в экспедицию по изучению особенностей проявления опасных геологических процессов, связанных с природной миграцией углеводородов.
    1659
  • 02/09/2019

    Инфраструктура лидерства

    ​Новосибирская область уверенно закрепилась в двадцатке Национального рейтинга состояния инвестиционного климата и реализует амбиции мирового инновационного центра. По итогам 2018 года регион достиг наилучших показателей в своей истории по объему инвестиций в основной капитал - 196 млрд рублей.
    286
  • 05/10/2018

    Бокоплав-кузнечик выживает в «горячей» воде за счет неверного жиросжигания

    Устойчивость к высокой температуре во многом зависит от способности обходиться без кислорода.​Ученые из Иркутского государственного университета, Белорусского государственного университета, Байкальского исследовательского центра, Красноярского научного центра СО РАН и Сибирского федерального университета узнали, как бокоплав-кузнечик Gammarus lacustris реагирует на постепенный рост температуры окружающей воды и какими биохимическими приспособлениями он пользуется, чтобы выжить.
    1133
  • 13/03/2018

    Иркутские химики сделали серьезный шаг в борьбе с вирусом гриппа

    Сотрудники Иркутского института химии им. А. Е. Фаворского Сибирского отделения РАН синтезировали вещество, защищающее от вируса гриппа, в том числе H1N1, более известного как свиной грипп. По информации пресс-службы ИНЦ СО РАН, старший научный сотрудник группы фармацевтической разработки института Яна Костыро сообщила, что разработка вещества началась в 2013 году.
    799
  • 19/09/2019

    Союз биологии и математики

    ​​Биоинформатика – одно из самых динамично развивающихся направлений современной науки. И новосибирский Академгородок принимает в этом процессе самое активное участие. Именно здесь, еще в прошлом веке сформировалась одна из ведущих мировых школ математической биологии, из которой впоследствии и «выросла» биоинформатика.
    214
  • 23/08/2018

    Международная Летняя Полевая Школа в ИМКЭС СО РАН

    ​10-15 сентября 2018 г. на базе Института мониторинга климатических и экологических систем СО РАН (г. Томск) состоится Международная Летняя Полевая Школа, посвященная вопросам применения новых полевых, лабораторных и информационно-статистических методов исследования, направленных на сбор, анализ, синтез и представление данных об экологических изменениях природной среды Сибири и Дальнего Востока России.
    1152
  • 29/09/2017

    Делегация Франции посетила Иркутский научный центр СО РАН для обмена опытом по созданию Байкальского геопарка ЮНЕСКО

    В ходе официального визита делегации департамента Верхней Савойи (Франция) 27 сентября обсудили проект «Байкальского геопарка ЮНЕСКО» с иркутскими учеными. В составе делегации присутствовали: Филипп Гишардаз, почетный президент ассоциации «Ерказия», мэр г.
    1507
  • 28/05/2016

    Эксперты утверждают, что Байкал не повторит судьбу Арала из-за ГЭС на Селенге

    ​Байкал не повторит судьбу Аральского моря - это невозможно при условии разумного регулирования его стока на иркутском побережье и действенных предложений для Монголии в сфере энергетики. Об этом  заявил директор Байкальского института природопользования (БИП) СО РАН Ендон Гармаев.
    1955