​Ведущий научный сотрудник Гербария МГУ имени М.В. Ломоносова опубликовал в журнале Taxon результаты работы по созданию «Цифрового гербария МГУ». В рамках проекта «Ноев ковчег» (при поддержке Российского научного фонда) ученые за три года создали крупнейшую в России базу данных растений со всего мира.

Уже сейчас «Цифровой гербарий МГУ» доступен всем желающим, а в будущем исследователи собираются обучить нейронную сеть определять правильность идентификации растений, а также создать «Атлас флоры России» и «Чеклист флоры России».

Коллекция Гербария МГУ насчитывает свыше миллиона образцов. В 2015 году в рамках проекта «Ноев ковчег» началась масштабная работа по ее переводу в цифровой вид: ученые сканировали образцы засушенных растений и вносили данные с этикеток. За три года сотрудники университета вместе с помощниками и компанией-партнером оцифровали более 900 тысяч записей — 89% коллекции. Помимо отсканированных образцов растений цифровой гербарий включает тексты оригинальных этикеток и географические координаты мест сбора растений. При оцифровке используется как помощь волонтеров, так и автоматические системы, распознающие штрих коды и помогающие работать с географическими координатами. Так, алгоритм может определять место сбора растения, сопоставляя имя ботаника с датой обнаружения растения или группируя растения по текстовому описанию места на этикетке. Позднее координаты для каждой из таких групп прописываются вручную.

Большинство образцов растений Гербария МГУ было собрано на территории России – 634 тысячи. Хорошо представлена флора Украины (30 тысяч), Монголии (27 тысяч), еще 99 тысяч образцов получено из стран Центральной Азии, немало растений в коллекции было собрано в Мали, Вьетнаме и Северной Корее.

Материалы «Цифрового гербария МГУ» доступны на его сайте. Изображения получают лицензию CC-BY 4.0, то есть на них не распространяются ограничения, связанные с авторскими правами, при условии прямой ссылки на первоисточник. Отсканированные растения и тексты с этикеток доступны для поисковых систем, на сайте Гербария записи можно сортировать по характеристикам растения, месту его обнаружения и другим критериям.

Параллельно с оцифровкой продолжается и активное пополнение коллекций. В 2016 году они выросли на 22 тысячи образцов, в 2017-м – на 19 тысяч. Больше всего в Гербарии появилось растений из Восточной Европы и азиатской части России, Центральной Азии и Кавказа. В 2016 году сотрудники Московского университета описали 16 новых видов растений из разных частей мира.

«В ближайшем будущем благодаря технологиям машинного обучения и нейронным сетям мы получим возможность автоматически проверять правильность идентификации коллекций сухих растений. Прошлый год стал поворотным: в 2017 году в мировой печати вышли сразу три публикации, посвященные автоматическому распознаванию растений по сканам. Технологии машинного обучения будут основаны на уже созданных и верифицированных библиотеках с изображениями сухих растений. Гербарий МГУ входит в семерку крупнейших цифровых гербариев мира, и, безусловно, его данные лягут в основу этого необычного футуриса», – рассказал автор статьи, ведущий научный сотрудник биологического факультета МГУ Алексей Серегин.

Собранная в рамках проекта база данных гербарных образцов поможет при создании «Атласа флоры России» и «Чеклиста флоры России». Атлас будет содержать сведения о распространении растений на территории страны, для него нужны данные и других российских гербариев, в том числе тех, которые пока не оцифрованы. «Чеклист флоры России» – стандартный перечень всех видов российской флоры, его можно составить на основе «Цифрового гербария МГУ» уже через два-три года. Оба проекта важны для документации и научного анализа разнообразия растений России и сохранения редких видов.

Похожие новости

  • 08/02/2017

    В МГУ создан депозитарий живых систем

    ​В МГУ имени М.В. Ломоносова заработала информационная система, которая содержит данные об образцах из биологических коллекций университета и партнеров проекта. Она позволяет оперировать информацией о биологических образцах самой разной природы, а также управлять хранилищами биоматериала.
    675
  • 14/11/2017

    Цифровой гербарий МГУ - крупнейший поставщик данных о биоразнообразии России

    ​Данные об оцифрованных 786 000 образцов Цифрового гербария МГУ импортировали в Глобальную базу данных биоразнообразия GBIF. Информация на международной платформе стала доступна исследователям со всего мира.
    376
  • 23/01/2017

    В России создан один из крупнейших в мире электронных гербариев

    Московскими учеными создана одна из крупнейших в мире коллекций отсканированных изображений гербарных образцов - цифровой гербарий. В настоящее время коллекция насчитывает 786 тысяч образцов. Изображения уже доступны для всех желающих на портале Депозитария живых систем МГУ имени М.
    757
  • 22/05/2017

    Древний суслик как представитель современного вида

    ​Сотрудники биологического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова изучили древнего индигирского длиннохвостого суслика и выяснили, что его родственники сейчас обитают на Камчатке. О своем исследовании ученые рассказали в статье, которая была опубликована в журнале Scientific Reports.
    639
  • 29/12/2017

    Ученые разработали алгоритм для ДНК-оригами

    Международный коллектив российских и американских ученых предложил алгоритм компьютерного моделирования сложенных из ДНК трехмерных конструкций. Такие нанороботы могут использоваться в электронике и медицине, например, для доставки лекарств.
    421
  • 09/03/2017

    В МГУ создадут биологическую «палату мер и весов»

    ​Трое академиков из МГУ рассказали о создании «Ноева ковчега» - первого в мире мегахранилища биологических материалов, изучение которых поможет найти ключи к редким болезням, раскроет секреты эволюции и приблизит человека к долгой жизни и бессмертию.
    630
  • 14/04/2017

    Российские ученые приблизились к разгадке механизма выработки лечебных белков

    ​Ученые ТГУ и МГУ выявили механизмы, которые играют главную роль в продукции миокинов - белков, обладающих противовоспалительным действием. Полученные данные помогут активизировать выработку в организме веществ, снижающих уровень воспалительных процессов.
    628
  • 25/04/2018

    Кто управляет нашей ДНК и как это можно использовать

    ​Эпигенетика в ее нынешнем обличье появилась в начале XXI века и для многих пока остается чем-то неизвестным и загадочным. А тем временем она активно развивается: ученые совершают фундаментальные открытия, кардинально меняющие представление о работе клеточных процессов сохранения и реализации наследственной информации.
    256
  • 01/03/2017

    Ученые АлтГУ займутся созданием гидропонных установок для Национальной Академии наук Республики Беларусь

    ​В Москве завершила работу международная специализированная выставка "Мир биотехнологий - 2017", в работе которой приняла участие делегация Алтайского края во главе с заместителем начальника Управления Алтайского края по пищевой, перерабатывающей, фармацевтической промышленности и биотехнологиям Александром Анатольевичем Кондыковым.
    669
  • 22/06/2018

    Об экспедиции Байкальского плавучего университета МГУ

    ​Студенты и сотрудники геологического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова 20 июня отправились в 5-ю Международную экспедицию Class@Вaikal-2018. Учёные планируют изучать уникальную природу геологических процессов на дне озера Байкал.
    107