Авторитетный швейцарский научный журнал Frontiers in Immunology, освещающий вопросы иммунологии и рассказывающий о последних достижениях в этой области, опубликовал статью ученых Российско-американского противоракового центра Алтайского государственного университета и кафедры физико-химической биологии и биотехнологии Института биологии и биотехнологии АлтГУ под руководством академика РАН Ольги Ивановны Лаврик.

 

Название изображения 

Работа под названием «Доменное сканирование: Комбинаторная Серологическая диагностика инфекционных заболеваний с использованием машинного обучения» (Domain-Scan: Combinatorial Sero-Diagnosis of Infectious Diseases Using Machine Learning) посвящена совместному исследованию ученых АлтГУ с коллегами из университета Тель-Авива (Израиль) и института Макса Планка (Германии), которое позволило сформировать серодиагностический подход, основанный на использовании фаговых пептидных библиотек.

В основе подхода, получившего название «доменное сканирование» (Domain-Scan), лежит использование методов высокопроизводительного секвенирования (NGS) в сочетании с методами машинного обучения. Благодаря этому ученым удалось одновременно изучить связывание антител сывороток крови с десятками эпитопов, то есть частями макромолекул вирусов, например, таких как ВИЧ-1 и HCV (вирусный гепатит С). Когда разработанный метод был использован для классификации неизвестных сывороток, он не только обеспечил точную классификацию, но и позволил определить профиль эпитопной специфичности.

Название изображения 

«С университетом Тель-Авива у нас подписано соглашение о сотрудничестве. Мы уже на протяжении нескольких лет успешно сотрудничаем с лабораторией профессора Гершони, одного из крупнейших специалистов в области фагового дисплея, и планируем продолжить нашу исследовательскую работу, - отметил ведущий научный сотрудник Российско-американского противоракового центра АлтГУ, к.б.н. Дмитрий Николаевич Щербаков. – Разработанный нами подход действительно прорывной. И дело даже не в модных ныне методах машинного обучения и секвенирования нового поколения. Дело в том, что этот метод позволяет одновременно получать информацию о спектре эпитопов, с которым взаимодействуют антитела из сывороток крови больных. Этот метод очень сильно похож на чиповые методы, которые наш коллектив развивает совместно со Стефаном Джонстоном из Аризонского университета, но, на мой взгляд, он более открыт и доступен для большего числа исследователей».

Разработанный экспериментально-вычислительный подход Domain-Scan является универсальным и может быть адаптирован к другим патогенам при условии предоставления достаточных обучающих выборок.

«Разработанный нами подход «доменного сканирования» можно использовать не только для выявления инфекционных заболеваний, но и для диагностики онкозаболеваний. По профилю антител, которые находятся у человека в крови, можно с помощью «доменного сканирования» определять различные заболевания», - подытожил Д.Н. Щербаков.  

Информация и фото предоставлены пресс-службой АлтГУ

Похожие новости

  • 27/06/2018

    АГМУ и АлтГПУ заключили договор о стратегическом партнерстве

    ​25 июня в рамках заседания ученого совета АлтГПУ состоялось подписание соглашения между двумя вузами Алтайского края. Подписи под договором о стратегическом партнерстве поставили ректор Алтайского государственного медицинского университета Игорь Салдан и ректор Алтайского государственного педагогического университета Ирина Лазаренко.
    1062
  • 06/12/2017

    АлтГУ разрабатывает инновационные лекарственные препараты в рамках стратегического проекта

    ​Алтайский государственный университет активно реализует стратегический проект по внедрению инновационных методов получения и использования лекарственного сырья природного происхождения и лекарственных средств на его основе.
    2430
  • 25/08/2017

    В Барнауле ученые представляют результаты исследований Противоракового центра АлтГУ

    24 августа на I онкологическом форуме Сибирского федерального округа, проходящем в Барнауле, выступят с докладами ученые Российско-американского противоракового центра опорного Алтайского государственного университета.
    2391
  • 07/06/2019

    АлтГУ и ФИЦ Институт цитологии и генетики СО РАН развивают сотрудничество

    Опорный Алтайский государственный университет с визитом посетила делегация Федерального исследовательского центра Института цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук во главе с директором ФИЦ «ИЦиГ СО РАН», членом-корреспондентом РАН, д.
    1809
  • 08/08/2017

    Ученые установили, что древние жители Алтая выращивали гигантских овец

    Ученые из Алтайского государственного университета (АлтГУ) совместно со специалистами из Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН подготовили и осуществили палеогенетические исследования костных останков овец, обнаруженных на юге Западной Сибири при раскопках археологических памятников, которые датируются с помощью радиоуглеродного метода второй половиной III – началом II тыс.
    2699
  • 22/11/2017

    АлтГУ вошел в состав федеральной Ассоциации производителей и потребителей традиционных растительных лекарственных средств

    ​Алтайский государственный университет вошел в состав федеральной Ассоциации производителей и потребителей традиционных растительных лекарственных средств, курируемой Национальной технологической инициативой "Хелснет".
    1063
  • 11/09/2019

    Ученые АлтГУ приняли участие в международном проекте по агроклимату

    ​Авторитетное мировое издание в сфере охраны окружающей среды – журнал Science of The Total Environment, индексируемый одновременно в базах данных Scopus и Web of Science (Q1, IF=5.589), опубликовал результаты совместных исследований ученых опорного Алтайского госуниверситета и  Университета им.
    687
  • 17/06/2016

    Аспирант АлтГУ стал единственным российским ученым-биологом, выигравшим стипендию президента академии наук КНР

    ​Аспирант биологического факультета Алтайского государственного университета Александр Шалимов стал победителем стипендиальной программы президента академии наук Китайской Народной Республики.
    2936
  • 22/03/2017

    Алтайский государственный университет – участник Сибирской сети по изучению изменений окружающей среды

    В начале 2017 года Алтайский государственный университет подписал Соглашение о создании консорциума – Сибирской сети по изучению изменений окружающей среды (SecNET), среди участников которого – 10 ведущих научных и образовательных центров Сибири: Национальный исследовательский Томский государственный университет, Югорский государственный университет, Институт водных и экологических систем СО РАН, Институт биологических систем криолитозоны СО РАН (Якутск), Северо-Восточный федеральный университета им.
    2484
  • 03/02/2020

    Алтайский ученый поправил французских коллег

    ​Доцент кафедры ботаники биологического факультета Алтайского госуниверситета, старший научный сотрудник Южно-Сибирского ботанического сада Алексей Ваганов в рамках программы «Академическая мобильность АлтГУ» проходил научную стажировку в крупнейшем гербарии мира, расположенном в Национальном музее естественной истории Парижа.
    428