​В ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» продолжают проходить мероприятия крупнейшей в Сибири 57-й Молодежной научной студенческой конференции (МНСК). Выступления участников подсекции «Цитология и генетика», о которых мы уже рассказывали, сменили доклады в рамках другой подсекции – «Биоинформатика».

Развитие этой относительно молодой научной дисциплины в нашей стране тесно связано с учеными ИЦиГ. Именно здесь (в сотрудничестве с коллегами из Института математики и Вычислительного центра) еще в советское время сложилась сильная школа математической биологии. А в 1998 году Институт цитологии и генетики СО РАН провел первую в России международную конференцию «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure» («Биоинформатика геномной регуляции и структуры»).

Для подготовки специалистов по данному профилю в НГУ 16 лет назад была открыта кафедра Информационной биологии, которую возглавил академик РАН Н.А. Колчанов (в то время – зам. директора, затем директор, ныне научный руководитель ИЦиГ СО РАН). Студенты, занимающиеся на этой кафедре, традиционно являются «ядром» участников биоинформатической подсекции МНСК.

В этом году в программу вошли доклады по нескольким ключевым направлениям этой научной дисциплины. Ряд работ был выполнен в области классической биоинформатики – разработка алгоритмов обработки биологических данных: данных высокопроизводительного секвенирования, анализ биологических изображений, а также создание специализированного программного обеспечения. Последнему вопросу был посвящен, например, доклад Алексея Мухина «Разработка программного комплекса для WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов».

Достаточно большой блок докладов был посвящен компьютерному и математическому моделированию разнообразных биологических объектов. В своих работах участники строили модели ферментативных систем бактерий, микробных сообществ, распространения глухоты в популяциях человека и проч.

Относительно новым направлением для конференции стали работы по применению machine learning (машинного обучения), которое демонстрирует в настоящее время бурное развитие во всем мире. Полина Белокопытова в своем исследовании использовала этот метод для предсказания пространственных контактов хроматина. Обращались к machine learning и ряд других участников, что вызвало положительные оценки со стороны жюри.

Целый ряд работ был связан с использованием биоинформатических методов в исследованиях медицинского характера, с целью реконструкции механизмов возникновения и развития разных заболеваний человека.

Показательным, по мнению организаторов, стало расширение географии участников, показывающее распространение биоинформатики в российских вузах. Вот уже несколько лет на конференцию приезжают студенты Сибирского федерального университета (Красноярск). Их работы выполняются в рамках крупного проекта по изучению геномики хвойных пород деревьев. В этом году они, однако, вышли за его границы, заметно расширив тематику своих исследовательских работ.

Подвести итоги работы подсекции в целом мы попросили председателя ее оргкомитета, руководителя сектора компьютерного анализа и моделирования биологических систем ФИЦ ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Сергея Лашина:

– В этом году было представлено много интересных докладов, которые отражают основные направления развития биоинформатики. И хотел бы отметить еще один важный момент. Сейчас доклады студентов выполняются на таком уровне, что еще лет десять назад, по объему результатов они вполне потянули бы на статью в хорошем научном журнале. Это говорит, во-первых, о том пути, который пройден в этом направлении (включая появление в свободном доступе более мощных программных инструментов и технологий). А во-вторых, о том, что в наших учебных заведениях дают подготовку на уровне, достаточном, чтобы молодежь могла результативно использовать эти научные и технологические достижения в своей работе.

Пресс-служба ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН»

Источники

Machine learning и ДНК
Академгородок (academcity.org), 19/04/2019
Machine learning и ДНК
Seldon.News (news.myseldon.com), 19/04/2019
Участники МНСК показывают рост уровня биоинформатических исследований
Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (bionet.nsc.ru), 19/04/2019

Похожие новости

  • 21/08/2018

    В новосибирском Академгородке открылась 11-я Международная мультиконференция по биоинформатике и системной биологии

    ​Более трехсот докладов, распределенных по восьми секциям, порядка 150 иностранных участников – таков масштаб стартовавшей 20 августа 11-й Международной конференции по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2018), организованной при непосредственном участии ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» и Новосибирского государственного университета.
    556
  • 01/09/2016

    Юбилейная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры генома проходит в Новосибирске

    ​С 29 августа по 2 сентября в Академгородке проходит десятая юбилейная Международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры генома и системной биологии BGRS\SB'-2016.  В этом году программа получилась очень обширной и помимо основной части, состоящей из нескольких направлений - "геномика, транскриптомика и биоинформатика", "эволюционная биоинформатика", "компьютерная фармакология", "протеомика" и др.
    1822
  • 26/06/2016

    Форум «Биомедицина-2016»

    С 26 июня по 1 июля в Новосибирске проходит форум «Биом​едицина-2016». ​В настоящее время биомедицинская наука преодолевает порог нового синтеза знаний, который ведет к формированию медицины нового поколения.
    4460
  • 11/09/2018

    В Новосибирске биологи обсудят метод, изменяющий реальность

    ​В технопарке новосибирского Академгородка открылся международный конгресс «CRISPR—2018», посвященный этому методу геномного редактирования. На конгресс съехалось около 360 ученых из США, Франции, Германии, Северной Кореи, Турции, Казахстана, Беларуси и 16 городов России, включая Москву и Санкт-Петербург.
    580
  • 17/08/2018

    В новосибирском Академгородке состоится международная конференция по биоинформатике

    ​С 20 по 25 августа в большом зале Дома ученых и Новосибирском государственном университете будет проходить XI международная мультиконференция по биоинформатике регуляции и структуры геномов и системной биологии BGRS\SB-2018.
    19190
  • 04/09/2015

    Готовим вирусы с Маргаритой Тарасовой

    ​Даже о самых сложных научных разработках и результатах исследований можно рассказать неискушенной публике легко и с юмором, простым языком и всего за 10 минут. Именно в этом жанре практикуются участники международного научного проекта Science Slam, призванного популяризовать науку.
    1340
  • 14/02/2019

    Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2019» (АПВПМ-19)

    С 1 по 5 июля 2019 года в Новосибирском Академгородке в рамках "Марчуковских научных чтений" состоится Международная конференция "Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики - 2019.
    404
  • 29/08/2016

    Завершился научный симпозиум «Генетика и геномика растений для продовольственной безопасности»

    ​Новосибирск регулярно подтверждает свой статус "интеллектуальной столицы" Сибири. Конец августа ознаменовался целым циклом мероприятий международного уровня, посвященных вопросам биологии, генетики и методам современной селекции.
    1857
  • 19/11/2018

    Зимняя школа по статистической геномике и количественной генетике

    С 28 января по 1 февраля 2019 года в Новосибирском государственном университете пройдёт зимняя школа «Introduction to Multifactorial Disease Genomics». К участию приглашаются студенты магистратуры и 4-го курса бакалавриата по таким специальностям, как биология, компьютерные науки, статистика, физика, медицина, интересующиеся геномикой и обладающие хорошими математическими навыками.
    607
  • 07/08/2017

    Международная конференция «Беляевские чтения», посвященная 100-летию академика АН СССР Дмитрия Беляева

    17 июля 2017 года исполняется 100 лет со дня рождения действительного члена АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева (1917–1985) – выдающегося ученого, генетика-эволюциониста. В связи с этим знаменательным событием с 7 по 10 августа 2017 года Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН, Новосибирск) и ряд со-организаторов проводят Международную конференцию «Беляевские чтения».
    2415